La stagione 2006-2007 è stata la 4ª stagione nella massima serie del Siena, il nuovo allenatore è Mario Beretta, arrivato dal Parma.
In campionato si inizia con un punto di penalizzazione per via di un ritardo nel pagamento dell’Irpef. Dopo 8 risultati utili consecutivi (5 pareggi e 3 vittorie) i bianconeri vengono sconfitti per 0-1 in casa dalla Reggina e 0-3 in trasferta contro l’ Udinese. Il girone di ritorno inizia con una vittoria (2-1 contro il Chievo).
I bianconeri terminano il campionato con una vittoria per 2-0 contro l’Empoli, una sconfitta contro il Palermo per 1-2 e un successo contro la Lazio (2-1), classificandosi cosi al 15°posto.
In Coppa Italia il Siena inizia dal primo turno, dove ottiene un successo per 2-1 contro il Carpenedolo, ma viene tuttavia sconfitta nel secondo turno dalla Triestina 1-2 e quindi eliminata dal torneo.